临床上的主要区别为：

　　1、低致病型禽流感主要表现产蛋量的急剧下降，一般在7—10天的时间内可以是产蛋率下降50%以上，死亡率不高。新城疫的发病率相比较温和，产蛋下降在30%左右，伴随着较高的死亡率；

　　2、低致病型禽流感鸡群有发热的表现，表现精神不振，而且呼吸道表现严重，解剖可见到气管的粘性分泌物和出血点，新城疫除了呼吸道症状，肠道的淋巴集结也有很明显的出血和肿胀的表现。

　　3、解剖的区别，低致病型禽流感表现卵泡的充血和液化很明显，另外还有输卵管的水肿和炎性分泌物。新城疫的表现以腺胃和肌胃的肿胀出血为特征，肠道上表现淋巴集节的肿胀出血，输卵管有轻微的炎症但没有水肿和炎性分泌物，卵泡膜充血；

　　4、蛋品之方面，低致病型禽流感表现蛋壳质量严重下降，畸形蛋、破壳蛋、无壳蛋明显增多，新城疫多表现蛋壳质量变薄，蛋壳颜色发浅。如果要更加准确地确定两者，最好的办法就是实验室诊断来确诊。